On Tuesday 20th June 2017 at 2 p.m., the seminar “Purification, Characterization, and Clinical Significances of Methionine Gamma Lyase Deaminase (Mgld) from Porphyromonas gingivalis” given by Dr. K.V. Venkatachalam, PhD. took place at the cinema auditorium of the Institute of Microbiology, CAS.  Prague – Krč.

Dr. Venkatachalam is a Professor of Biochemistry at the College of Allopathic Medicine, Nova Southeastern University, Ft. Lauderdale, Florida, where he has been active since 1999. His current research focuses on Methionine gamma lyase of Methionine metabolism and its impact on halitosis and cancer research.

After the seminar, he discussed the possibility of potential cooperation in the area of systems biology as well as regarding research infrastructures with the Institute of Microbiology’s scientists involved in the C4Sys infrastructure.

 

 

On Thursday 25th May 2017, the Center for Nanobiology and Structual Biology (CNSB) in Nové Hrady welcomed 48 students and their teachers from the Anglo-Czech High School in České Budějovice, the C4sys Research Infrastructure (C4Sys RI) being the main topic of their excursion.

First the students attended a speech by the director of the CNSB and the C4Sys RI – Prof. Rüdiger Ettrich. He introduced the infrastructure, talking about its development, purpose and objectives. He then explained what each research group involved in the infrastructure is focused on and what their main activities are, illustratively accompanying his speech with slides from his PPT presentation to clarify some difficult processes for the students. Since the C4Sys infrastructure is directly linked to the Infrastructure for Systems Biology in Europe (ISBE), prof. Ettrich also covered its role and the link between these two infrastructures. In the end, he compared data storing in the USA and in Europe.

The theoretical part was followed by a tour of laboratories at the CNSB. The students were divided in two groups and viewed the research premises of the Center with commentaries by their two “tour guides” – Prof. Ettrich and Dr. Lazar. They could see the scientific work as well as all the equipment used, in particular the Laboratory of Cell Biology, which focuses on the development and applications of two-photon polarization microscopy and related advanced optical microscopy techniques, and the Laboratory of Structure and Function of Proteins, with its central research issue being the relationship between the structure and function of the proteins and their complexes.

Finally, the students paid a brief visit to the Algatech Centre in Třeboň, whose Laboratory of Photosynthesis under the supervision of Prof. Josef Komenda is also part of the C4Sys infrastructure.

Download flyer

PRAKTICKÝ KURZ ANALÝZY DAT HIGH THROUGHPUT SEQUENCING
ANALÝZA SPOLEČENSTEV POMOCÍ SEKVENACE PCR AMPLIKONŮ, ASSEMBLY A ANOTACE BAKTERIÁLNÍCH GENOMŮ

23.-24.6.2016
Místo konání: Přírodovědecká fakulta UK, Viničná 5, Praha 2, Posluchárna B8
Účastníci kurzu se naučí zpracovávat amplikonové a shotgunové sekvence, získané na platformách „high throughput sequencing“ na příkladě platformy Illumina MiSeq. V analýze amplikonů by měli zvládnout analýzu sekvencí bakteriální 16S nebo houbové ITS od základního zpracování dat až po jejich identifikaci, u sekvencí získaných shotgun sekvenací je cílem zvládnout základní assembly bakteriálního genomu, predikci genů a jejich anotaci.

čtvrtek 23.6.2016
10:00-10:30 Registrace
10:30-11:00 Úvodní slovo, hight throughput sequencing – specifika, možnosti HTS v České republice (Petr Baldrian)
11:00-12:00 Zpracování a publikace HTS dat, využití HTS dat v ekologii a biotechnologii – příklady (Petr Baldrian)
12:00-13:00 Přestávka na oběd
13:00-14:30 Zpracování amplikonových dat pomocí programu SEED (Tomáš Větrovský)
14:30-15:00 Přestávka
15:00-18:00 Praktická část: samostatné zpracování dat v programu SEED (Tomáš Větrovský)
pátek 24.6.2016
9:00-10:00 Assembly bakteriálních genomů – teorie (Tomáš Větrovský)
10:00-12:00 Praktická část: samostatné assembly bakteriálního genomu (Tomáš Větrovský)
12:00-13:00 Přestávka na oběd
13:00-14:00 Příprava knihoven pro HTS na platformě Illumina – praktické tipy (Petra Havlíčková)
14:00-14:30 Sekvenace na platformě Oxford Nanopore Technology (Lucia Žifčáková)
14:30 Zakončení kurzu (Tomáš Větrovský)
Požadavky
Pro praktickou část kurzu musí mít každý vlastní PC notebook s Windows 64bit (7,8,10) a minimální pamětí 4 GB RAM (optimálně 8 GB a více). Pro zpracování amplikonových sekvencí bude využit program SEED (http://www.biomed.cas.cz/mbu/lbwrf/seed/). Pro účely kurzu bude použita nová verze 2.0 (momentálně testujeme), uživatelé budou o vydání nové verze informováni e-mailem nebo bude možné program stáhnout a nainstalovat přímo na kurzu. Pro skládání genomů bude použit sofware z prostředí BioLinux (bowtie, Velvet, Perl), které na platformě Windows lze realizovat pomocí programu VirtualBox, který je ke stažení zde: (http://environmentalomics.org/bio-linux-download/).
Registrace
Kurz je kapacitně omezen. Pro účast je nutná registrace prostřednictvím registračního formuláře:
http://www.biomed.cas.cz/mbu/lbwrf/NGS_kurz/index.php
Účastníci budou vybíráni podle pořadí přihlášek, organizátoři si vyhrazují právo přihlédnout k počtu přihlášek z jednotlivých pracovišť. Prosíme, vyčkejte na e-mail potvrzující Vaši účast.
Kurz je pro účastníky bezplatný – podmínkou je uvedení jména, příjmení, pracoviště a podpis na prezenční listině. V případě, že se nebudete moci kurzu zúčastnit, sdělte to prosím co nejdříve na kontaktní e-mail (vetrovsky@biomed.cas.cz). Pořádání kurzu je financováno konsorciem C4SYS s finanční podporou grantu MŠMT č. LM2015055.
Další informace
– stravování v průběhu kurzu ani ubytování nebude zajištěno
– kurz proběhne v českém jazyce
– absolventi kurzu obdrží certifikát o jeho absolvování
– více informací: http://c4sys.cz/ nebo vetrovsky@biomed.cas.cz (Tomáš Větrovský)
Kurz pořádá konsorcium C4SYS (http://c4sys.cz/) a Mikrobiologický ústav AVČR, v. v. i. (http://biomed.cas.cz/mbu).