Download flyer

PRAKTICKÝ KURZ ANALÝZY DAT HIGH THROUGHPUT SEQUENCING
ANALÝZA SPOLEČENSTEV POMOCÍ SEKVENACE PCR AMPLIKONŮ, ASSEMBLY A ANOTACE BAKTERIÁLNÍCH GENOMŮ

23.-24.6.2016
Místo konání: Přírodovědecká fakulta UK, Viničná 5, Praha 2, Posluchárna B8
Účastníci kurzu se naučí zpracovávat amplikonové a shotgunové sekvence, získané na platformách „high throughput sequencing“ na příkladě platformy Illumina MiSeq. V analýze amplikonů by měli zvládnout analýzu sekvencí bakteriální 16S nebo houbové ITS od základního zpracování dat až po jejich identifikaci, u sekvencí získaných shotgun sekvenací je cílem zvládnout základní assembly bakteriálního genomu, predikci genů a jejich anotaci.

čtvrtek 23.6.2016
10:00-10:30 Registrace
10:30-11:00 Úvodní slovo, hight throughput sequencing – specifika, možnosti HTS v České republice (Petr Baldrian)
11:00-12:00 Zpracování a publikace HTS dat, využití HTS dat v ekologii a biotechnologii – příklady (Petr Baldrian)
12:00-13:00 Přestávka na oběd
13:00-14:30 Zpracování amplikonových dat pomocí programu SEED (Tomáš Větrovský)
14:30-15:00 Přestávka
15:00-18:00 Praktická část: samostatné zpracování dat v programu SEED (Tomáš Větrovský)
pátek 24.6.2016
9:00-10:00 Assembly bakteriálních genomů – teorie (Tomáš Větrovský)
10:00-12:00 Praktická část: samostatné assembly bakteriálního genomu (Tomáš Větrovský)
12:00-13:00 Přestávka na oběd
13:00-14:00 Příprava knihoven pro HTS na platformě Illumina – praktické tipy (Petra Havlíčková)
14:00-14:30 Sekvenace na platformě Oxford Nanopore Technology (Lucia Žifčáková)
14:30 Zakončení kurzu (Tomáš Větrovský)
Požadavky
Pro praktickou část kurzu musí mít každý vlastní PC notebook s Windows 64bit (7,8,10) a minimální pamětí 4 GB RAM (optimálně 8 GB a více). Pro zpracování amplikonových sekvencí bude využit program SEED (http://www.biomed.cas.cz/mbu/lbwrf/seed/). Pro účely kurzu bude použita nová verze 2.0 (momentálně testujeme), uživatelé budou o vydání nové verze informováni e-mailem nebo bude možné program stáhnout a nainstalovat přímo na kurzu. Pro skládání genomů bude použit sofware z prostředí BioLinux (bowtie, Velvet, Perl), které na platformě Windows lze realizovat pomocí programu VirtualBox, který je ke stažení zde: (http://environmentalomics.org/bio-linux-download/).
Registrace
Kurz je kapacitně omezen. Pro účast je nutná registrace prostřednictvím registračního formuláře:
http://www.biomed.cas.cz/mbu/lbwrf/NGS_kurz/index.php
Účastníci budou vybíráni podle pořadí přihlášek, organizátoři si vyhrazují právo přihlédnout k počtu přihlášek z jednotlivých pracovišť. Prosíme, vyčkejte na e-mail potvrzující Vaši účast.
Kurz je pro účastníky bezplatný – podmínkou je uvedení jména, příjmení, pracoviště a podpis na prezenční listině. V případě, že se nebudete moci kurzu zúčastnit, sdělte to prosím co nejdříve na kontaktní e-mail (vetrovsky@biomed.cas.cz). Pořádání kurzu je financováno konsorciem C4SYS s finanční podporou grantu MŠMT č. LM2015055.
Další informace
– stravování v průběhu kurzu ani ubytování nebude zajištěno
– kurz proběhne v českém jazyce
– absolventi kurzu obdrží certifikát o jeho absolvování
– více informací: http://c4sys.cz/ nebo vetrovsky@biomed.cas.cz (Tomáš Větrovský)
Kurz pořádá konsorcium C4SYS (http://c4sys.cz/) a Mikrobiologický ústav AVČR, v. v. i. (http://biomed.cas.cz/mbu).

Post Navigation